Desde sus inicios, el Museo de la Nación se constituyó en un activo centro cultural por sus salas de exposición permanente y las numerosas salas de exposiciones temporales.
La exposición permanente comprendía tres circuitos de visita, el circuito Pre-hispánico, el de Arte Popular del Perú y el circuito de la Sala de los Niños y Niñas del Perú (inaugurado en 1999).
El 2004 se abrió la Sala de los Tesoros en la bóveda del tercer piso, que se integra al circuito de exposición permanente del museo.
Se presentaron importantes exposiciones temporales, destacándose las siguientes muestras: Indumentaria y trajes típicos del Perú (1990), Proyecto arqueológico Sicán (1994), Las tumbas Reales de Sipán (1994), La Dama del Ampato (1998), La ciudad sagrada de Caral (2001).
Se realizaron también exposiciones temporales de la obra de artistas reconocidos como: Shoda (1996) Oswaldo Guayasamín (1997), y sobre el grabado en el Perú a partir de 1900. Hasta el año 2002 las salas de exposiciones temporales del museo se denominaron: Sala María Reiche, Sala José Sabogal, La Gran Sala, Sala Frisos de Chan Chan, Sala de la Minería, Sala Juan Acha. Posteriormente se pasaron a llamarse según las letras de abecedario.
